Eu tive o mesmo problema, então tentei criar o par de chaves a partir da linha de comando. Quando o fiz, encontrei o mesmo problema novamente, mas com as seguintes informações.
gpg: lookup_hashtable failed: Unknown system error
gpg: trustdb: searching trust record failed: Unknown system error
gpg: Error: The trustdb is corrupted.
gpg: You may try to re-create the trustdb using the commands:
Para corrigir este problema, vá para a linha de comando e digite o seguinte (por favor, mude seu nome de usuário para seu nome de usuário real).
cd C:\Users\your-username\AppData\Roaming\gnupg
gpg --import-ownertrust < otrust.tmp
del trustdb.gpg
gpg --import-ownertrust < otrust.tmp
Depois disso, você poderá gerar com sucesso um novo par de chaves.
Isso funcionou para mim usando o kleopatra 3.02-gpg4win-3.0.3