Não tenho certeza se existe uma maneira "melhor", mas o que eu notei é que, se eu excluí coisas no Chrome na máquina host, elas afetavam as duas contas ... excluindo contas pessoais no perfil de trabalho, ainda removidas de meu perfil pessoal também. No entanto, se eu excluir na VM (somente com o perfil de trabalho), somente o perfil de trabalho será afetado na máquina host. Em seguida, consegui selecionar a VM e verificar no perfil do Host Personal que mantive minhas contas, mas as removi no perfil do Host Work. Eu até "parei e limpei" no perfil do Host Work e, em seguida, sincronizei novamente e nenhuma conta pessoal voltou.
Espero que isso ajude alguém.