Esta biblioteca é licenciada usando a LGPLv3 , para que você possa usá-la com um aplicativo comercial sem problemas.
Agora você tem algumas opções para resolver seu problema:
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A maneira mais fácil é simplesmente incluir o pygal no seu projeto. Basta adicioná-lo como um módulo. Copie a pasta pygal para a pasta raiz do seu projeto e importe-a.
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Uma maneira um pouco mais complicada é adicionar um script que use pip para instalá-lo. Não vale a pena o tempo IMHO, ele não será auto-atualização, vai precisar de privilégios de root e parece bastante complicado.
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Finalmente você pode empacotar o pygal em seu próprio deb. Essa opção tem vantagens claras, como instalação e desinstalação limpas e uma melhor política de atualização. Embora esta seja claramente a melhor opção para uma ferramenta de código aberto que será distribuída por um PPA, será muito difícil usá-la com o Centro de Software.
Então, na sua posição, eu escolheria o número um.