Desmarcar a opção "Ao alternar para um aplicativo, alternar para um Espaço com janelas abertas para esse aplicativo" em Preferências do Sistema de Controle da Missão corrigirá o problema, mas os efeitos colaterais podem não ser desejáveis. Além disso, parece que esta opção não é consistente. Alguns aplicativos da Apple trocarão espaços de qualquer maneira (Finder, iTunes),
Não se importaria com uma resposta melhor.