Parece que pode haver algumas restrições no arquivo que você tem. Em outros arquivos PDF, você pode fazer destaques e notas?
Você pode querer experimentar um leitor de PDF de terceiros também como Sumatra ou < href="http://www.foxitsoftware.com/Secure_PDF_Reader/"> Foxit e veja se você pode usar as ferramentas de destaque nesses programas e o que acontece se você as abrir no Adobe Reader.
Além disso, outra solução alternativa, por padrão, você tem a impressora XPS instalada no Windows 7. Você pode imprimir o documento para o XPS, em seguida, usando algo como impressora cutepdf (o Foxit PDF também vem com um pritner virtual) imprime o documento XPS de volta para PDF. por exemplo, imprima PDF- > XPS e imprima XPS- > PDF.