A versão depende do seu hardware, não dos sistemas operacionais que você instalou. por exemplo, você tem o Windows Vista 32 Bit e o Ubuntu 12.10 64 Bit, o que significa que você tem hardware que pode usar software de 32 ou 64 bits. Com isso em mente, vamos analisar sua lista:
clonezilla-live-2.1.1-7-amd64.zip
clonezilla-live-2.1.1-7-amd64.iso
clonezilla-live-2.1.1-7-i486.zip
clonezilla-live-2.1.1-7-i486.iso
clonezilla-live-2.1.1-7-i686-pae.zip
clonezilla-live-2.1.1-7-i686-pae.iso
Como o que queremos é gravar a imagem, vamos com os arquivos .iso , o que nos deixa assim
clonezilla-live-2.1.1-7-amd64.iso
clonezilla-live-2.1.1-7-i486.iso
clonezilla-live-2.1.1-7-i686-pae.iso
Como você tem um sistema que suporta 64 bits, você pode usar a versão clonezilla-live-2.1.1-7-amd64.iso. Você também pode usar o i686-pae, mas é melhor usar uma versão de 64 bits de um hardware compatível com 64 bits.
Agora, após baixar o iso de 64 bits, não se preocupe em clonar um sistema operacional Windows ou Linux de 32 bits. Como eu disse antes, a versão para download depende do hardware. Assim, com a versão de 64 bits, você pode clonar uma versão de 32 bits ou uma versão de 64 bits de um sistema operacional instalado sem qualquer problema.