HISTCONTROL afeta apenas as novas linhas hist.
O que eu acho que o autor é uma maneira de editar o arquivo histórico existente.
nl ~/.bash_history | sort -k 2 | uniq -f 1 | sort -n | cut -f 2 > temp_file
seguido por temp_file > ~/.bash_history
Isto deve preservar a ordem de linha, enquanto remove os dups do arquivo hist existente.
Pode deixar para trás carimbos de hora fantasma, se você tiver ativado os carimbos de hora.
Se você tiver esse problema, comente e eu prepararei uma segunda limpeza para eles.