Eu sei que é tarde, mas tenho o mesmo problema e esta é uma solução que funciona:
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cd para o diretório do arquivo do pacote de extensão. (para facilitar o acesso, mova-o primeiro para casa).
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execute este comando:
sudo VBoxManage extpack install <tarball>
onde tarball é o nome completo do arquivo do pacote de extensão. CUIDADO! Não renomeie o arquivo antes da mão. Deve começar com algo como Oracle_VM_ * e terminar com * .vbox-extpack. Digite isso sem o * mark, e então aperte TAB .