Descobriu-se que o Spotlight não indexa todos os links físicos para um arquivo - apenas um deles -, de modo que essa abordagem falha de qualquer maneira.
Os links simbólicos não são indexados, portanto, risque esse.
Os aliases do OS-X são indexados, mas a instância iniciada do script de destino é iniciada com o nome original do script - ele não recebe informações sobre o link que o lançou.
Eu decidi usar um script bash por variante que apenas inicia o script principal com argumentos apropriados, sendo executado em segundo plano:
$ mainscript <args> &
Uma janela de terminal executando o script auxiliar pisca apenas o tempo suficiente para iniciar o script principal em segundo plano. Realiza o que eu preciso.