Acho que isso não é possível com os recursos integrados do mutt. Pela minha experiência, até mesmo o próprio IMAP é um pouco desajeitado com o vira-lata. Se for aceitável para você, sugiro que você sincronize suas pastas IMAP em um .maildir no disco local; Pela minha experiência, isso facilita o manuseio do correio com o mutt muito mais facilmente e o seu problema de arquivamento se tornaria viável »voar por«.
Eu fiz uma experiência positiva usando offlineimap (embora eu tenha mudado para mu4e depois de usar o mutt por aproximadamente 10 anos, já que em algum momento eu não consegui o mutt fazer uma configuração complexa com várias contas, etc. de maneira conveniente sem que o segfaulting causasse config ficou muito complexo ou não está fazendo o que eu quero).