Isso parece ajudar.
for i in * ; do zip -vr "$i.zip" "$i" ; mv "$i.zip" /move/zipfiles/here/ ; done
você pode alterar o zip para outro método de compactação, apenas certifique-se de alterar as opções para que correspondam também. Também fará tudo daqui o *. Então, mova as pastas que você quer compactar para uma pasta e enlouqueça. se você quiser excluir a pasta depois de adicionar:
for i in * ; do zip -vr "$i.zip" "$i" ; mv "$i.zip" /move/zipfiles/here/ ; rm -r "$i"; done