Esta é a especificação do design.
Não consigo encontrar o texto original para isso, mas até onde eu consigo lembrar, a ideia com a translucidez no mouseover foi projetada de modo que quando um usuário precisa ler o que está abaixo da bolha ele pode descobri-lo com o ponteiro do mouse.
O Notify-OSD mudou um pouco desde que este documento apareceu. Notavelmente não há mais botões nele. Mas o racional por trás disso ainda é o mesmo.
No entanto, eu não vi uma maneira de configurá-lo de acordo com sua descrição. Você provavelmente teria que ir até a fonte e criar sua própria versão .
EDITAR Webupd8 tem um < um artigo da href="http://www.webupd8.org/2012/06/closable-movable-notifyosd.html"> como corrigir o Notify-OSD para ser clicável no Ubuntu 12.04.