Acredito que isso deriva do desejo de ter e alternar entre vários aplicativos de primeiro plano / logins sendo executados ao mesmo tempo. Já que unix e linux foram sempre projetados para ser um ambiente multi-usuário e multitarefa desde o começo, antes de GUI ou networking foi inventado, este foi um método usado e é mantido porque pode ser útil às vezes.
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Resposta curta: sem diferença.
Um pouco mais: o número 1 é o primeiro e o padrão de algumas distro é enviar mensagens do sistema para apenas esse.
Bem, há uma pequena diferença, normalmente, os números mais altos são para a GUI e os números mais baixos para a interface baseada em texto. Embora muitas distro usem 7-12 para GUIs e 1-6 para interfaces de texto, nem todas são assim, algumas têm 1-4 e 5-8 para text / gui e não assumem que você tem as teclas F9-F12 como alguns teclados antigos não fez.