Como os marcadores são exibidos no topo da árvore, você pode criar um marcador de sua pasta de trabalho. Mude para o diretório de trabalho e digite :Bookmark
no modo de comando. O nome do diretório aparece em chaves ao lado do nome do dir. (Esteja ciente de que nenhum espaço está no nome do diretório. Nesse caso, você deve nomear o Marcador por você mesmo com Bookmark <name>
).
Para exibir marcadores, digite B
no buffer NERDTree.
Veja também a ajuda: :help nerdtree