Se você não tem muitos pacotes instalados através de homebrew e macports você pode tentar desinstalá-los (presumivelmente você instalou o pip através de um desses?).
Você pode desinstalar o homebrew de acordo com o link e o macports como descrito link .
O Python do terminal ainda funcionará, já que o python é uma parte integrante do OSX e vem com o sistema operacional.
Eu não usei o pycharm, mas suspeito que você precise selecionar o interpretador nas preferências descritas aqui link .
Se você ficar realmente preso, você sempre pode instalar o linux no seu mac; -)
Boa sorte.