Isso acontece quando seu computador está muito lento. Sempre que executo vários programas, o Windows também faz isso. É porque você está dizendo ao programa para abrir, mas está demorando muito para abrir. Assim, ele diz que tem algo a dizer (como uma notificação de bate-papo do Skype, finalização da instalação, etc., basicamente sempre que o ícone estiver amarelo), e ainda não está iniciando. A solução é garantir que o seu computador seja rápido o suficiente para executar todos esses programas.