Quando você faz logout ou shutdown / reboot, todos os seus aplicativos / janelas abertos são fechados primeiro. É por isso que você precisa reabri-los quando fizer o login novamente.
Versões anteriores do Ubuntu / GNOME tinham uma opção para "salvar sessão" ao sair, a qual você pode estar se referindo. Infelizmente, isso não é possível no momento com o Unity em 12.04; Sua melhor alternativa, se você precisar desse recurso, é hibernar seu computador, em vez de sair / desligar.
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