Resposta curta
Não, não é possível impedir a sincronização da pasta do Dropbox no diretório raiz.
Resposta longa
Não, não é possível, mas há uma solução alternativa que exige um pouco de organização: você pode criar pelo menos duas pastas , uma para itens que deseja manter no seu Work PC e outro para itens que você deseja manter apenas no seu Home PC . As coisas colocadas em outro lugar serão sincronizadas com os dois PCs.
Eu faço algo parecido com a minha coleção de fotos, já que uso 3 PCs. Vamos chamá-los de Home PC , Office PC e Laptop PC .
Quero manter todas as minhas fotos em Home PC , as fotos mais recentes em Laptop PC (tenho um pequeno SSD) e nenhuma foto no "Office PC" (não preciso delas lá).
Por isso, criei duas pastas: Photo Library e Recent Photos . Ambos estão sincronizados com Home PC . No Laptop PC , digo ao Dropbox para sincronizar apenas Recent Photos . Em Office Pc não sincronizo nenhum deles.
Desta forma, quando passo as coisas de Recent Photos para Photo Library (posso fazê-lo de Home PC ou da aplicação web Dropbox), são eliminadas de Laptop PC , mesmo que o meu portátil esteja desligado (na verdade Dropbox irá removê-los assim que sincronizar).
Posso até colocar arquivos em Home PC e Laptop PC de qualquer outro dispositivo usando a interface da Web ou o aplicativo para dispositivos móveis.