Depois de algumas pesquisas e testes, eu cheguei ao seguinte comando:
ffmpeg -i input.vob -f vob -target ntsc-dvd -vcodec copy -acodec copy output.vob
Está funcionando bem! Ele faz o processamento mínimo (se for muito rápido), e a saída é aceita pelo Bombono, ou seja, os pacotes NAV são adicionados!