Esse post do Lifehacker diz que usar este comando de atalho fecha tudo sem salvar. Isso entra em conflito com a documentação oficial da Apple que diz que você tem a oportunidade de salvar documentos abertos.
Eu não testei, mas se o Lifehacker estiver certo, então isso faria sentido. Usar o atalho contorna certas funções do sistema operacional, como salvar o estado do aplicativo ou verificar se há documentos alterados e vai diretamente para a parte boa: Desligar o computador.