Encontrado onde essas entradas são armazenadas. Um dos valores em:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Office.0\Word\Data
A versão curta é que a exclusão dessa chave (com o Word fechado) resolve o problema.
Ainda não sei exatamente como o problema começou, mas o que aconteceu foi que o perfil de usuário padrão e / ou temporário conseguiu obter uma cópia da chave acima do usuário administrador que instalou o software. Um problema adicional no servidor significava que os usuários frequentemente obtinham um perfil temporário quando se conectavam. Como resultado, eles continuavam recebendo esse perfil padrão corrompido e, assim, tentavam carregar os arquivos do outro perfil. Atualmente, há um loop acontecendo devido ao problema temporário do perfil (a chave Data corrompida continua sendo copiada novamente se o usuário obtiver um perfil temporário), mas isso é um problema diferente para uma pergunta diferente.