Se você precisar executar um processo no plano de fundo de uma máquina do tipo cliente, eu usaria o PSExec (que pode ser baixado da Microsoft como parte do pacote PSTools) ou o WINRS, que já está embutido no Windows. Isso permitirá que você execute um programa em segundo plano sem interagir com o usuário. A desvantagem desses comandos é que, a menos que o programa que você está executando tenha uma interface de linha de comando incorporada, você não conseguirá interagir com ele de maneira significativa, portanto, verifique se ele pode ser executado sozinho antes de dispará-lo. Não sei exatamente o que você está tentando fazer em segundo plano, mas usamos o PSExec em nosso escritório para fazer coisas como instalações remotas de patches e carregamentos remotos de software.