Isso depende do cliente de backup - o cliente "subversion" mantém as informações de subversão sob os diretórios que estão sendo armazenados em backup, enquanto o fsvs (que é mais adequado para configurações de versão) coloca as informações de backup em / etc).
Concordo com o @IObO que o controle de versão não é ideal para backup (é lento e projetado para diferentes finalidades), embora seja certamente muito melhor do que nada, e viável se você tiver apenas uma pequena quantidade de material. Talvez dê uma olhada no BackupPC (para Windows e Linux) ou rsync ou rsnapshot (não usei isso com o Windows, talvez você possa usar o cygwin?)
Além disso, sugiro backups de linha de comando, pois eles tendem a ficar desatualizados porque é um processo manual.