Eu basicamente desisti e mudei para o Ubuntu 13.10 e quando usei o apt-get para instalar o base R, obtive a versão 3 como esperado.
Foi relacionado de alguma forma a versão 12 do Ubuntu que eu estava usando.
Estou instalando o R em um Ubuntu 12.10 x64 e quando eu executo:
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
Estou recebendo a versão R 2.15.1.
Isso não deve me dar a versão mais recente R 3.0.2?