Eu encontrei a causa do problema. Em nosso kernel 2.8, Ext3 escrevem barreiras onde estão desabilitadas por padrão, enquanto elas são habilitadas para Ext4. Desativar a opção no Ext4 aumentou drasticamente nossas velocidades de criação / exclusão para o bonnie ++. Atualmente executando testes de colisão para verificar a confiabilidade, mas até agora tudo bem.