Se você clicar com o botão direito na janela do seu terminal, selecione Profiles > Default
profile. Você deve poder editar o tamanho padrão do seu terminal lá.
Para mudar a maneira como uma nova janela aparece, você deve usar ccsm
.
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
Execute ccsm
, role para o plugin chamado "place windows" ou algo assim, clique nele e você terá acesso às configurações.