Se você clicar com o botão direito na janela do seu terminal, selecione Profiles > Default profile. Você deve poder editar o tamanho padrão do seu terminal lá.
Para mudar a maneira como uma nova janela aparece, você deve usar ccsm .
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
Execute ccsm , role para o plugin chamado "place windows" ou algo assim, clique nele e você terá acesso às configurações.