Eu não estou familiarizado com ElementaryOS, mas a partir da aparência do seu erro eu estou querendo saber se você está faltando toda a árvore de código-fonte. Nos meus sistemas Debian / Ubuntu, eu tenho um Makefile em
/usr/src/linux-headers-$(uname -r)/arch/x86/syscalls/
O Makefile parece exigir toda a árvore de fontes: vou citar apenas algumas linhas,
syscall32 := $(srctree)/$(src)/syscall_32.tbl
syscall64 := $(srctree)/$(src)/syscall_64.tbl
para substanciar minha suspeita.
Então você terá que instalar todo o código-fonte. Você tem duas possibilidades distintas,
- obtenha o pacote fonte do seu kernel e reconstrua-o
- obtenha um kernel principal diretamente do kernel.org e construa-o.