Como o tomcat6 depende do openjdk-6-jre, quando você instala o tomcat6, também instala o openjdk. Depois, você pode optar por removê-lo ou mantê-lo, mas para ter certeza de que o tomcat6 usa o Oracle JAVA, basta:
sudo vi /etc/default/tomcat6
e defina JAVA_HOME:
JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-7-oracle
Se você quiser manter o Oracle e o OpenJDK, você pode verificar Como eu instalo o Oracle Java JDK 7? para criar o arquivo /usr/lib/jvm/.java-7-oracle.jinfo requerido pelo update-java-alternatives. Em seguida, alterne entre eles com:
sudo update-java-alternatives -s java-6-openjdk
sudo update-java-alternatives -s java-7-oracle