O arquivo .torrent mantém um log da maneira como espera que os arquivos baixados sejam. Então, ou você está de acordo com o jeito que está agora, ou você cria um novo arquivo .torrent, com sua configuração de pasta desejada, e começa a semear do zero.
Adicionando mais informações, como talvez sejam algumas exceções ao acima. Pode ser possível que o cliente Torrent possa sobrescrever as configurações incorporadas no arquivo .torrent. Mas isso seria complicado, já que você precisaria alterar manualmente os links para se adequar à estrutura de pastas que você criou.
Seria possível alterar o arquivo .torrent e (estou supondo neste momento) usar o BEncode para ler e alterar, novamente manualmente, os arquivos .torrent.
Uma solução poderia ser o link físico dos arquivos. Digamos que você mantenha os arquivos no lugar original. Então, você pode vincular esses arquivos a uma estrutura de pastas de sua preferência.
A vantagem é que a única coisa que você precisa fazer é vinculá-los (como se estivesse fazendo atalhos .lnk) e depois você poderia usar os arquivos em sua nova estrutura de pastas como você queria.
Desta forma, você esquece a configuração original e usa apenas a mais nova, sem interferir nas configurações do cliente Bittorent. Como a vinculação difícil não é uma prática comum, vou procurar uma maneira de fazer isso facilmente a partir do Windows (que eu assumo que é o seu sistema operacional). Por enquanto, há este link para Microsoft Technet e esta postagem do Serverfault ( Como você cria um simbólico (hardlink) no CMD.exe ). Citando a resposta dada:
On an NTFS volume under Windows XP you can use the "fsutil" tool to create a hard link:
fsutil hardlink create <destination filename> <source filename>Both source and destination must be on the same NTFS volume.