Tanto quanto eu sei. Você teria que criar seu mklink para ligar o segundo disco rígido ao primeiro dentro da pasta mysql. O Mysql tem uma pasta para cada banco de dados. Então crie uma nova pasta chamada "backup".
(assuming the new partition is D:)
make a folder called "mysql" on d:
(Você está criando uma junção com o segundo disco rígido aqui.)
mklink c:\<location of the mysql database folder>\backup /J d:\mysql
create a new database called "backup"
create identical set of tables in the "backup database"
start moving records from the original tables to the "backup" database"
Você precisa dividir os dados em grupos, como por data (por exemplo). Em seguida, você pode selecionar todos os dados de uma determinada data e inserir no novo banco de dados de "backup" e depois excluir o grupo do banco de dados original posteriormente.
Se você estiver criando logs binários, isso poderá economizar espaço. PURGAR REGISTOS BINÁRIOS ANTES DE '2013-10-12 21:10:00';