Fico feliz que você possa restaurar seus arquivos! Antes de fazer essas mudanças importantes, é sempre bom ter um backup à mão!
Para que uma mudança desse servidor funcione sem problemas, o que deve ser feito é desativar o servidor antigo, copiar todos os dados para o novo servidor e somente fazer o switch DNS.
Porque a pergunta é: o que você realmente esperava que acontecesse? Eu acho que você esperava que o cliente determinasse automaticamente de alguma forma que você mudou o servidor, e que você realmente deseja fazer o upload dos dados existentes?
O problema é que não há uma maneira fácil para o cliente determinar que você fez essa alteração. Se ele puder ser acessado na mesma URL, o cliente assumirá que é o mesmo servidor e, portanto, assumirá que você excluiu todos os seus arquivos no servidor. É assim que o cliente percebe - nada no servidor mudou (exceto o certificado, mas isso pode mudar no mesmo servidor também), mas seus arquivos sumiram, portanto você deve ter apagado, ergo, ele sincroniza essa deleção. / p>
Havia planos para introduzir algo como um ID de servidor, para que o cliente possa dizer se o servidor com o qual o cliente está conversando no momento ainda é exatamente igual ao servidor ao qual ele estava inicialmente conectado; mas isso não está implementado (ainda?).