Pode haver um problema em como seu tema está lidando com os escopos Markdown disponíveis. Se você estiver interessado, confira o Neon Color Scheme no controle de pacotes - eu o escrevi para aproveitar de tantos escopos quanto possível, em tantos idiomas quanto possível, e o padrão Markdown.tmLanguage não parece tão ruim com isso. Mesmo que você não goste das cores que eu escolhi, pode ajudá-lo a ajustar mais seu próprio tema. Se você tem alguma sugestão sobre como posso melhorar, ou apenas tem perguntas sobre o tema em geral, por favor, aberto um problema ou enviar uma solicitação de pull e eu farei o que puder para ajudar.
A pesquisa por meio do arquivo .tmLanguage tem seus usos, especialmente se você estiver procurando por um único escopo que parece não encontrar, mas saiba que deve estar lá, mas uma maneira muito melhor de aprimorar seu tema de realce de sintaxe é usar o plugin ScopeHunter do @facelessuser. Eu tenho isso ligado a um keybinding personalizado, e configurado para exibir em um pequeno painel na parte inferior da tela, e pode descobrir quais escopos estão em vigor sob o cursor apenas por bater uma seqüência de teclas rápidas. Ter o conjunto de opções do painel torna as coisas muito mais fáceis do que usar o localizador de escopo interno do Sublime, pois isso só é exibido na barra inferior, desaparece rapidamente e não pode ser copiado.