Não tenho certeza do que você quer dizer com a remoção dos átomos / caixas 'moov'. MP4Box -add
mescla as caixas / átomos 'moov' em um. Se você quiser fazer com que a reprodução inicial comece mais rapidamente ao baixá-la, você deve tentar fragmentar seu arquivo ou usar o MPEG DASH (em particular o perfil onDemand)