Você coloca o nome de usuário e a senha (no formato de hash, preferencialmente) no arquivo de configuração do CNTLM. O Apt não precisa saber seu nome de usuário e senha.
Configurar o cntlm pode ser um pouco complicado, você precisa brincar com os sinalizadores "Auth", até que funcione de forma confiável. Aqui está um howto que escrevi para usuários da minha universidade.