Não há nenhum AV conhecido que possa procurar vírus no MBR. Alguns aplicativos afirmam fazer isso, mas eu não sei o quanto eles são bem sucedidos nele (por exemplo: utilitário TDSSKiller.exe)
Mas você sempre pode reescrever seu MBR usando o bootsect. Você pode obter mais insights sobre como corrigir o MBR por meio deste