Eu confiaria no Chkdsk e no Windows. Eu não confiaria em Tree Size.
O gráfico de pizza, em particular, é muito preciso. Isso é retirado diretamente dos arquivos de metadados do sistema de arquivos.
Tamanho da Árvore atravessa pastas e adiciona arquivos. Que é inerentemente quebrado porque não adiciona corretamente hardlinks e arquivos que não podem acessar.