Eu verifiquei alguns dos outros arquivos .desktop e percebi que estava faltando a categoria, destacada em vermelho no realce de sintaxe do Scratch.
eu coloco sob
Categories=Development
e apareceu.
Como nota, você pode colocar várias categorias para um item, mas apenas as que são destacadas em vermelho em (Scratch, não sei sobre o Gedit) aparecerão no menu no Elementary.