ffmpeg -i video.mp4 -i audio.mp4 -map 0:v:0 -map 1:a:0 -shortest -s hd1080 -r 24 temp.mp4 && ffmpeg -i temp.mp4 -vf "ass=subtitles.ass" final.mp4
tentou isso? O que eu fiz foi literalmente colocar first CMD && second CMD
este deve executar o primeiro comando e o IF que saiu corretamente, então execute o segundo. Se o primeiro falhar, deve desistir e parar.