Se alguém está procurando a resposta, eu consertei isso de uma maneira um pouco incomum.
Eu já tinha um projeto WebMatrix com uma conexão de banco de dados MySQL, fechei o WebMatrix e depois removi o MySQL Connector Net na configuração do Windows. Quando reiniciei o WebMatrix e cliquei na conexão do banco de dados, surgiu uma janela dizendo que eu precisava de um driver e propus o download.
Depois disso tudo funcionou!
Quando analisei o software instalado na configuração do Windows, encontrei: 'MySQL Connector Net 6.5.4'.