Desculpe por ressuscitar uma pergunta tão antiga, mas eu a encontrei quando tive o mesmo problema, então talvez a solução que finalmente encontrei possa ajudar alguém que se depara com isso como eu.
Basta adicionar
cd %:h
para o seu .vimrc . Dessa forma, (g) o vim muda para o diretório do arquivo atual no início , o que significa que, diferente de autochdir , nenhum plug-in é quebrado. Além disso, você ainda pode editar um arquivo em um subdiretório e ainda executar comandos no diretório de trabalho.
Isso significa que, quando você tiver bibfile em um subdiretório, poderá editá-lo e executar bibtex enquanto esse arquivo ainda estiver aberto. Com autochdir você teria que mudar primeiro para um arquivo no diretório de trabalho.
Espero que ajude alguém! :)