Você pode encontrar um bug: Ticket # 896: ljpeg - suporta 32bpp RGBA . Felizmente, foi corrigido com cometer 6db57fa cerca de uma semana atrás em 2013- 07-25:
$ cd ~/ffmpeg; git log 6db57fa
commit 6db57fa8bc1a40c16293f9224d195e43ae52aabd
Author: Michael Niedermayer <[email protected]>
Date: Thu Jul 25 00:32:44 2013 +0200
avcodec/mjpegdec: Support RGBA lpegs
Fixes Ticket896
Signed-off-by: Michael Niedermayer <[email protected]>
Isso significa apenas que você precisa obter uma nova build do ffmpeg. Veja a página de download do FFmpeg para links para compilações para OSX, Windows e Linux. Claro que você sempre pode compilar o ffmpeg também.