Até onde eu sei, o NTLM tem um set list de nomes de host com os quais irá autenticar. Ao criar um alias como esse, sem atualizá-lo no "lado do servidor", a autenticação falhará.
Encontrei dois artigos relacionados com alguns sabores do Windows: -)
Link 2 - Sobre o acesso no servidor 2003
Como parece que ambos precisam que o servidor seja atualizado para funcionar, acredito que você esteja correto em assumir que isso se deve à natureza do NTLM.