[EDIT] Há um problema ao usar espaços no caminho do arquivo de configuração.
Had to install to c:\Synergy and then save my config file without spaces in the name to work around this. Using version 1.4.10.
Parece haver outro problema ao usar números em nomes de tela.
Eu estava tendo alguns problemas assim, então mudei para a última versão estável, 1.3.8 ( link ). Alguns recursos estão faltando, mas tudo está funcionando bem agora.