Eu sei que você postou isso há um ano, mas encontrei seu post enquanto procurava fazer a mesma coisa.
É estranho que isso tenha sido deixado de fora das hot keys Canela do Linux Mint, pois há tantas opções disponíveis. Talvez isso tenha sido corrigido em versões posteriores, mas ainda estou usando o Linux Mint 13 LTS e não está disponível nessa versão.
Eu resolvi o problema escrevendo um script muito simples para fazer isso usando wmctrl , que é um programa que pode enviar comandos para um X Window Manager a partir da linha de comando. Se wmctrl não estiver instalado em sua máquina instale-o com o comando abaixo, você pode verificar se já está instalado com which wmctrl que mostrará o caminho se já está instalado ou não mostra nada se não estiver instalado, AFAIK não é instalado por padrão no Linux Mint.
sudo apt-get install wmctrl
Em seguida, crie um novo script (muito simples) que deve funcionar com qualquer X Window Manager:
#!/bin/bash
# Script: window-toggle-always-on-top.sh
#
# Script to toggle the always on top setting of the active window. It is
# designed to work by being assigned to a system hot key.
wmctrl -r :ACTIVE: -b toggle,above
exit 0
Quando o script for criado, abra as configurações do teclado do Linux Mint, vá para 'Atalhos personalizados' e adicione um atalho personalizado, certifique-se de usar o caminho completo para o script criado na caixa de comando. Depois de adicioná-lo, atribua-o a uma tecla de atalho clicando em 'não atribuído' abaixo de 'Ligações de teclado'. Em seguida, basta pressionar a tecla de atalho para alternar a configuração sempre no topo de qualquer janela que tenha o foco.
Explicação do comando wmctrl :
-r :ACTIVE: - use the currently active window.
-b toggle,above - toggle the 'always on top' setting.
Espero que isso ajude.