Se você tem um disco ubuntu ao vivo, pode facilmente extrair seus arquivos, já que a unidade está funcionando bem. Se a unidade estiver falhando e tiver problemas de montagem, etc, o uso de ferramentas como dd ou ddrescue pode ser usado para obter o máximo de dados brutos possíveis antes que ele seja completamente perdido.
Agarre seus arquivos e, em seguida, digitalize a unidade com o utilitário de diagnóstico do fabricante para garantir que este seja um problema de alta definição e não algo diferente. Você pode então criar uma solução a partir daí.