Os arquivos que começam com .
estão ocultos na interface gráfica.
Para visualizá-los, basta abrir o navegador de arquivos e ir em 'Editar' - > 'Preferências' e marcar 'Mostrar arquivos ocultos e arquivos de backup'.
Você também pode alternar os arquivos ocultos usando Ctrl + H
EDITAR:
Para fazer com que os arquivos ocultos apareçam no terminal, use:
cd
ls -al
cd
leva você de volta à sua pasta pessoal enquanto ls -al
lists (o sinalizador -l) todos os arquivos (o -a flag) ocultos ou não.