A capa em arquivos mp3 é tratada através do uso de tags ID3. Muitas vezes depende da fonte de onde você tirou seus arquivos .mp3 para saber se eles terão a capa incorporada nela.
No que diz respeito ao download de capas, há vários programas projetados para isso, alguns bons exemplos são discutidos na questão relacionada: Precisa de um tagger MP3 ID3, e inclui o fetcher