Você poderia fazer isso no Linux, mas ficaria feliz em continuar removendo arquivos até um grande crash ( algo como este ). Windows, não permitirá que você exclua componentes que estão em uso (ou seja, arquivos de sistema cruciais serão intocáveis quando estiver em execução).
Mas se você quiser desativá-lo por algum tempo, há poucas coisas que você pode fazer.
Solução de hardware: remova peça crucial de hardware, preferencialmente disco rígido: o Windows não estará acessível, na verdade nada na unidade será, o computador não inicializará. Para apenas impedir que ele inicie, você pode simplesmente desconectar o cabo de alimentação.
Solução de software: faça backup do registro (não apenas exportar, faça backup do C: \ Windows \ System23 \ config inteiro) e desabilite todos os serviços do sistema (você precisará editar o registro para fazer isso, serviços .msc protege alguns serviços). Quando você quiser trazê-lo de volta à vida, use alguma ferramenta externa para restaurar o backup do registro. (note que matar o Windows com este método não requer ferramentas adicionais, apenas restaura)