Você pode usar a opção somente leitura e excluir sua sessão quando fechar. Todos os cookies que são somente leitura devem permanecer.
Você também pode usar um programa de terceiros como o ccleaner. Ele permitirá que você proteja os cookies desejados e limpe o que não corresponde à lista branca que você criou.
O problema com a tarefa que você está procurando é que isso alteraria a funcionalidade atual do Chrome. Isso só pode ser feito com uma extensão de 3ª parte e / ou o Google adicionando a opção.
Com isso dito, soluções alternativas teriam que ser implementadas.