Parece que seu problema está com o sinalizador -C
. rsync
-C
flag é a regra de exclusão do cvs. Ele automaticamente ignora arquivos que correspondam às regras internas do CVS para excluir arquivos.
Essas exclusões são de man rsync(1)
:
RCS SCCS CVS CVS.adm RCSLOG cvslog.* tags TAGS .make.state .nse_depinfo *~ #* .#* ,* _$* *$
*.old *.bak *.BAK *.orig *.rej .del-* *.a *.olb *.o *.obj *.so *.exe *.Z *.elc *.ln core
.svn/ .git/ .hg/ .bzr/
A regra da qual seu diretório entrou em conflito foi o core
no final da linha 2.